Hikâye, modern bir metropol kenti olan Ryme City’de, dedektif Harry Goodman’ın gizemli bir şekilde ortadan kaybolması ile başlar. Goodman’ın 21 yaşındaki oğlu Tim, babasının bu gizemli yok oluşunu araştırmaya karar verir. Araştırmaları onu Harry’nin eski Pokémon partneri, komik, bir o kadar da çatlak Pikachu’ya götürür. Birbirleriyle kimseyle olmadığı kadar mükemmel bir iletişim kurabilen Tim ve Pikachu, bu karmaşık gizemi çözebilmek için heyecan verici bir maceraya atılırlar.
